Клубът е основан на 15 юли 2001 г от Християн Първанов, Галин Михайлов, Славчо Танев, Тинко Тотев и Димо Христов. През сезон 2005/06 ФК Верея получава право да се състезава във Югоизточната "В" група и завърши на 13 - то място. След известно отсъствие ФК "Верея" се завърна в Югоизточна „В” група - 2011/2012 година. Тогава ръководството на клуба предприема амбициозен план за модернизиране на клубната база Трейс Арена. Поставено е изкуствено осветление, а на 6 май 2015 година лично спортният министър Красен Кралев открива изкуственото игрище. В началото на 2016 година се изгради новата трибуна за 1 200 зрители с козирка, включваща всички екстри.
През сезон 2014/2015 за първи път в клубната си история ФК "Верея" влезе в професионалния футбол и участва в Б група.
ФК "Верея" постигна най - големия си успех през лятото на 2014 година след като спечели за първи път в клубната си история - купата на Аматьорската футболна лига. На финала в Пловдив старозагорският тим победи с 2:0 "Миньор" (Перник).